1987-ci ildə hərbi xidmətə çağrılan Albert xidməti vəzifəsini Gürcüstanda yerinə yetirir və tank komandiri olur. Daha sonra Bakıya dönərək Suraxanıda Maşınqayırma zavodunda işləyir. Vətənimizin dar günlərində Albert Aqarunov könüllü olaraq cəbhəyə yollanır.
Albert tank komandiri təyin edilir və Şuşa cəbhəsinə yollanır. O, Xankəndi, Daşaltı, Cəmilli istiqamətində gedən döyüşlərdə erməni faşistlərinin xeyli canlı qüvvəsini və zirehli texnikasını məhv edib.
Albert Qarabağ müharibəsində əfsanəyə çevirilmişdi, onun şücaətindən danışmayan yox idi. O dövrdə hər kəs tankını Albert adlandırırdı...ermənilər onun başına pul mükafatı qoymuşdular.
Azərbaycan Respublikası prezidentinin 7 iyun 1992-ci il tarixli 833 saylı fərmanı ilə Aqarunov Albert Aqarunoviç ölümündən sonra “Azərbaycanın Milli Qəhrəmanı” adına layiq görülüb.
Bakıda Şəhidlər xiyabanında dəfn edilib.
Vaxtilə tahsil aldığı 154 saylı orta məktəb onun adını daşıyır.